自動清潔（或機械清潔）是清潔儀器或設備的shou選方法 - 已知比手動清潔效率高16倍。由于使用自動清潔設備清潔的儀器無需預先浸泡或擦洗，因此使用自動化設備可以提高生產率，提高清潔效果，并減少工人接觸血液和體液。因此，使用自動化設備比手動清潔受污染的儀器更有效，更安全。
自動清潔和沖洗過程使用的設備包括：器具或推車清洗機，清洗消毒器，巴氏殺菌設備，清洗消毒器。選擇清潔方法和設備的考慮因素包括其有效性，與待清潔物品的兼容性以及它們造成的職業健康和暴露風險。有些是為了清潔特定的設備，如內窺鏡。建議遵循
滅菌器制造商的清潔設備使用說明書，以獲得zui大效果，并避免對正在清潔的設備造成不必要的損壞。
超聲波清潔器用于對復雜儀器進行精細清潔，去除接縫，裂縫，管腔和其他難以清潔區域的污垢。只有在使用上述設備去除重土或手動清潔后才能完成此過程。超聲波清潔不會消毒。超聲波清洗器的清洗液在變臟之前應該更換，從而將交叉污染的風險降至zui低。并非所有設備都可以在超聲波清潔過程中混合。設備制造商應指定任何限制。
