盡管高壓滅菌器的使用非常簡單，但是在操作高壓滅菌器時要遵循一定的預防原則。運行高壓滅菌鍋時應遵循的一些重要預防措施是：

1. 高壓滅菌器不應用于對防水或防水物質（如油或粉末）進行滅菌。
2. 高壓滅菌鍋不應過分擁擠，物料的裝載方式應確保蒸汽能充分滲透物品。
3. 要高壓滅菌的物品應始終放置在輔助容器中。
4. 僅可使用可高溫高壓滅菌的袋子對包裝好的廢物進行高壓滅菌。
5. 為了確保足夠的穿透力，應將物品包裹在允許蒸汽滲透的物品中，并且不得使用鋁箔之類的材料。
6. 放置在腔室內的物品不應接觸腔的側面或頂部。
7. 廢物和清潔物品應分別高壓滅菌。
8. 切勿嘗試在高壓滅菌器工作時打開蓋子。
9. 液體成分jue對不能在密封的容器中高壓滅菌。
10. 容器內的液體只應填充2/3 次的總體積的，以防止液體的濺出。
11. 請勿使用塑料或聚乙烯托盤或容器，因為它們可能會熔化并損壞高壓滅菌鍋。
12. 此外，切勿對易燃，反應性，腐蝕性，有毒或放射性物質，家用漂白劑或石蠟包埋的組織進行高壓滅菌。
13. 請勿將紙張直接放在高壓滅菌鍋內，因為它是可燃物質。應將其高壓滅菌后放在生物袋設置的廢物袋中，以防止起火。